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fsleyes

FSLeyes 是 3D 和 4D 数据的查看器,可以接受多种类型数据的展示。

接收类型如下:

  • NIFTI image files (.nii, .nii.gz).
  • MGH image files (.mgh, .mgz).
  • GIFTI surface files (.surf.gii, .gii).
  • Freesurfer surface files (lh.orig, lh.pial, lh.white, etc).
  • FEAT analysis directories (.feat).
  • MELODIC analysis directories (.melodic).
  • dtifit output directories.
  • VTK legacy files (.vtk) which are in a format similar to that produced by the FIRST sub-cortical segmentation tool.
  • 2D image files (e.g. .png, .bmp, .jpg, etc).

本文目录

文章目录

    • 1. 如何启动 FSLeyes
    • 2. 加载图像
      • 2.1 通过终端命令加载
      • 2.2 通过 `File`菜单加载
      • 2.3 通过 overlay 面板加载
    • 3 界面说明
    • 4 多种视图 View
    • 5 如何截屏
    • 6 是否可以编辑图像
    • 7 用于论文做图的例子

1. 如何启动 FSLeyes

在上一节中,我们安装好 FSL 后,FSLeyes 就已经安装好了。通过在终端键入 fsleyes就可以启动。

$: fsleyes

当您第一次启动 FSLeyes 时,您将看到如下所示的内容:

这里没有加载任何图像,所以是一个空面板。

2. 加载图像

加载图像的方式很多,这里介绍三种加载方式。

2.1 通过终端命令加载

我们要加载某一个图像查看,可以在打开 fsleyes 的时候直接加载,如:

$: fsleyes *.nii.gz
# 这里的 * 指的是图像路径

2.2 通过 File菜单加载

在软件最上方有一排菜单栏,通过 File菜单添加。按需要,可以选择加载单个图像,还是文件夹。

2.3 通过 overlay 面板加载

通过 overlay 面板可以实现图像的新增和删除。便于更好的管理图层(类似于 ps 的图层,我习惯这么理解)。

如果你已经加载好图像,我们接下来分析一下界面的功能。

3 界面说明

  • overlay toolbar: 字面意思是叠加工具箱。实际上就是控制图层之间的显示,比如透明度,对比度,亮度,窗宽窗位等。
  • ortho toolbar: 控制中间正交视图(ortho view)的显示, 比如三个面的排列方式,也可以选择单独显示某个方位。
  • overlay list: 叠加列表,控制图像的图层顺序,可以进行上下移动图层,显示和不显示某图层,加载和删除某图层。
  • location panel: 位置面板,显示当前的坐标信息和正交体素的像素值。

    注意:这里有两个坐标系。显示的都是图中绿色定位线交点的坐标值。第一个坐标是内部的一个坐标系,目前没啥用。第二个坐标比较常用,显示当前所在层的 xyz 三个坐标。下面的Volume在加载 4D 图像的时候有用,表示加载的 第几个 3D 体积。

如图,我加载的是一个 4D 的脑数据,包含T1,T2,Flair 和 T2增强(假设是这些,不准确)。大小=4x240x240x155, 设置volume=1, 加载的就是 1x240x240x155.

如果对每个功能的意思不是很了解,把鼠标放在上面,会有解释。

以上就是一个非常简单的入门介绍,接下来介绍一些更高阶的应用。


4 多种视图 View

在菜单栏 View 里面,提供了多种视图供选择。

  • ortho view: 正交视图,我们前面使用的都是正交视图
  • lightbox view: 灯箱视图,这个功能非常喜欢,他可以选择按轴位,冠状位还是矢状位显示所有的层。

    这里,可以非常清晰的看到哪些层面有肿瘤,可以通过调整层间距控制显示的层数。
  • Histogram: 直方图,点击就可以直接画出图像的直方图
  • 3D view: 3D 视图,可以进行 3D 表面重建,可用于显示器官的形态等。

    这里显示了一个脑肿瘤的形态,可以旋转查看。

最后,如果你实验后,发现面板变得非常混乱,可以使用 view > layouts 重新排。

5 如何截屏

当你调到满意的视角之后,可能想保存画面,那么应该怎么做呢?

只要点击界面中的拍照按钮即可截图。

6 是否可以编辑图像

正交视图具有编辑模式,允许您编辑 NIFTI 图像中包含的值。您可以通过tool ⇒ edict mode 菜单选项在任何正交视图中进入编辑模式。可以对图像进行绘制、擦除、填充、选择、复制或粘贴体素。

7 用于论文做图的例子


例如,论文中,经常展示分割结果和 mask 对比,通过这个软件就可以实现不同模型分割结果的对比。

以上简单介绍了 fsleyes 的一些通用功能,更细节的应用可以查看官方文档。Fsleyes 官方文档

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