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批量下载SRA并且转换为FASTQ格式

安装配置SRATOOLKIT

本文只介绍windows版本的下载安装方法

下载

  • 你可以访问sratoolkit的官方下载地址选择你需要的安装包，贴出github的地址：01. Downloading SRA Toolkit · ncbi/sra-tools Wiki (github)

  • 因为github的玄学下载，所以贴出蓝奏云的地址，你可以下载到windows版本的：https://txk.lanzouo/iiqxp0kalm3c

  • 将下载完的压缩包解压就可以直接使用，工具是免安装的

  • 进入bin目录，可以看到你所能使用的所有工具：

  • 首先你需要初始化，最好保证软件的路径中没有中文以及特殊符号

  • 初始化：

    • 首先需要在命令行中进入bin目录中，分别输入以下每一行命令

    • .\prefetch.exe -h
.\vdb-config.exe --interactive       //你可以看到以下界面

    • 你可以看到一下界面，只需要保持默认配置，然后回车选择保存配置即可

  • 至此，工具的下载安装配置已完成

命令转换

获得下载列表

  • 勾选需要的数据发送至运行选择器

  • 选择选择器中的文件进行下载

  • 如果在之前就已经勾选，就只需要选择：总中的入藏列表，之前选择的就是可用的|如果未选择，就需要在此处勾选，然后打开选择器，然后就可用在此页面筛选，选择入藏列表，会得到一个以SRR开头的序列列表如下

进行批量下载

  • 将下载完成的txt文件批量下载： .\prefetch.exe --option-file sra_List.txt -O Catalogue（输出文件夹）

  • 将sra转换为fastq：.\fastq-dump.exe -I --split-files <sra所处在的目录> -O Catalogue(输出文件夹）

  • 将sra转换为fastq：.\fasterq-dump.exe --split-3 <sra所处在的目录> -O Catalogue(输出文件夹）

  • 可以在其bin目录下可以看到生成了以当前SRR项目号为名的文件夹，内含转换成功的fastq文件

本文标签： sratoolkitWindows

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