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脚本分享—从fasta格式文件中批量提取特定位置的序列

脚本简介：

这个脚本主要用于从FASTA格式文件中批量提取指定位置的序列，可以应用在很多不同场景，比如：

  • 提取基因内部特定区域的序列，例如用于分析蛋白质或核酸的二级结构区域；
  • 设计引物时，截取目标区域的序列作为模板；
  • 需要对特定区域进行比对或变异分析时，快速提取目标序列；
  • 亚细胞定位预测后，提取对应区域的序列进行进一步研究；
  • 根据BLAST比对结果，批量提取匹配到的特定序列；
  • 批量提取UTR区域、基因间隔区等非编码序列；
  • 批量提取基因启动子区域序列，便于启动子分析；
  • 从基因组中提取基因簇等大段连续序列；
  • 提取各类移动元件序列或特定基因，比如基因组岛、前噬菌体、整合子、插入序列、操纵子区域，以及像16S rDNA这样的功能基因。

总之，通过这个脚本，用户可以根据自己的研究需要，从FASTA文件中灵活、精准地提取指定区间的序列，广泛应用于各种生物信息学分析工作中。

安装biopython模块：

代码语言：javascript代码运行次数：0运行复制
# 使用pip安装
pip install biopython

查看脚本帮助文档：

代码语言：javascript代码运行次数：0运行复制
python Extract_fasta_by_site.py -h

脚本使用方方法：

1）脚本准备文件如下图所示

2）fasta文件详解

3）提取位置文件详解

实战演习

代码语言：javascript代码运行次数：0运行复制
python Extract_fasta_by_site.py sequence.fasta site_list.tsv output
本文参与 腾讯云自媒体同步曝光计划，分享自微信公众号。原始发表：2025-04-29，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent 删除脚本设计biopythonpip工作

本文标签： 脚本分享从fasta格式文件中批量提取特定位置的序列

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