admin管理员组

文章数量:1440217

多位点测序与肿瘤空间进化

Title

Immune-tumor interaction dictates spatially directed evolution of esophageal squamous cell carcinoma

Online

  • 高频突变基因：包括已知驱动基因（如TP53、CDKN2A）和新发现的肿瘤抑制基因PREX2（23%患者存在突变或高甲基化）（fig1C）。
  • PREX2功能验证：敲低PREX2显著增强ESCC细胞（KYSE450）的迁移和侵袭能力（Fig1e-g）。

突变特征：103 个 ESCC 中的突变特征主要有 6 个（ FigS2b ）：APOBEC（Sig 2 和 13）、dMMR（DNA 错配修复缺陷 Sig 6 和 15）、BRCAness（Sig 3）、衰老（Sig 1）和饮酒相关（Sig 16） 进化分析：使用 phylogicNDT 量化了突变或染色体改变的分子时间，TP53 和 CDKN2A 的驱动突变往往发生在早期，而 NFE2L2、SMARCA4、PIK3CA 和 CUX1 等突变则往往发生在相对较晚的阶段。相比之下，大多数染色体改变往往发生在早期或中期，这表明核型转变是一个早期基因组事件，可能与肿瘤恶性转化相关（Fig2a）。系统发育进化枝可分别分为主干进化枝、分支进化枝和私有进化枝（Fig2b），将分支进化枝映射到原发性肿瘤的物理区域，发现部区域明显比其他区域包含更多靠近肿瘤中心的分支进化枝（Fig2f ），这表明来自肿瘤中心的亚克隆更有可能沿食道向上扩张。 空间进化：考虑到肿瘤生长过程中选择驱动的亚克隆突变扩增，我们定义了区域克隆性评分 (RCS)，以根据克隆性最高的亚克隆突变簇来评估亚克隆的选择压力。与中性进化的样本相比，强选择下的 ESCC 表现出显著更高的 gITH（ P < 0.001），且拷贝数 ITH 略有增加（ P = 0.07）。 然而，在选择和中性进化之间，tITH 和 iITH（免疫 ITH）并没有表现出显著差异。103 名 ESCC 患者的 461 个原发样本的可变 RCS 值进一步支持了 ESCC 中普遍存在的亚克隆选择（Fig5b） 生存分析：从OncoKB 中整理的由突变和扩增驱动的潜在靶点 ，共鉴定出 19 个靶基因，涉及 152 个突变。（Fig6a）。生存分析发现BRCAness 患者表现出较好的生存结果（Fig6b-e），HRD 评分高的 ESCC 往往预后更好。 总结 该研究创新点在于提出了肿瘤空间进化模型：首次提出ESCC的“空间定向进化”理论，揭示亚克隆扩张的方向性与免疫微环境相互作用。其研究结果具有临床转化价值，如免疫编辑评分可作为预后标志物，指导个体化治疗，BRCAness亚型的识别为精准治疗提供新靶点。 文末友情宣传强烈建议你推荐给身边的博士后以及年轻生物学PI，多一点数据认知，让他们的科研上一个台阶：

本文参与 腾讯云自媒体同步曝光计划，分享自微信公众号。原始发表：2025-04-11，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent 删除事件数据迁移量化模型

本文标签： 多位点测序与肿瘤空间进化

版权声明：本文标题：多位点测序与肿瘤空间进化 内容由网友自发贡献，该文观点仅代表作者本人， 转载请联系作者并注明出处：http://www.betaflare.com/biancheng/1747716458a2748776.html， 本站仅提供信息存储空间服务，不拥有所有权，不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌抄袭侵权/违法违规的内容，一经查实，本站将立刻删除。