生信学习者专属的R包安装终极指南

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生信学习者专属的R包安装终极指南

1. R包的来源及安装方式

R包主要有以下几个来源，不同来源的安装方式略有不同：

1.1 CRAN

CRAN（Comprehensive R Archive Network）是R语言的官方网站，管理着20000+个R包，各种用途的都有。

Currently, the CRAN package repository features 22142 available packages.（2025.3.5） -数据来自cran官方网站

install.packages("stringr") 
install.packages(c("ggplot2", "stringr")) #也可以一次安装多个包

stringr、ggplot2是包名，所有cran的包都是这样安装，记得要加引号。

反之，install.packages能直接加包名就安装的只有cran正在管理的包，不适用于其他任何来源的包，也不适用于已被剔除的包。

再说通俗一点，install.packages装不了biocondutor和github的包啊！

1.2 Bioconductor

Bioconductor是生物、生信方向专属的R包集合，包含大量处理生信数据的工具，管理者2000+个R包，审核机制比cran更严格。

Discover 2289 software packages available in Bioconductor release 3.20.（2025.3.5） --数据来自bioconductor官方网站

需要先安装BiocManager，然后用BiocManager里面的install函数安装Bioconductor网站上的包。

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) {
    install.packages("BiocManager")
}
BiocManager::install("limma") 
BiocManager::install(c("limma", "edgeR"))#也可以一次安装多个包

limma、edgeR是包名，所有Bioconductor的包都是这样安装，也是记得要加引号。

上面提到了3.20，是Bioconductor的版本号，对应R语言4.4版本。函数会根据你的R版本自动匹配Bioconductor版本，如果发现版本旧了（例如代码反馈输出时反复提到3.19），可以自行更新

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